Als Mikrobiota werden die Darmflora und alle sonstigen Bakterienkolonien des Körpers bezeichnet, die bestimmte Lokalisationen besiedeln, z. B. die Bakterienflora der Haut oder des Mundes. Sie sind eng mit dem Abwehrsystem des Körpers assoziiert und üben daher einen Einfluss auf viele Körperfunktionen aus.
Die Beziehung zwischen den einzelnen Bakterienstämmen und ihrem Wirt kann sehr unterschiedlich sein:
- Kommensalen essen vom gleichen Tisch, tun sich aber nichts. Zu ihnen gehört eine Reihe von (harmlosen) Darmbakterien.
- Symbionten essen vom gleichen Tisch und profitieren voneinander; sie haben eine mutualistisch (gegenseitig) förderliche Beziehung. Hierzu gehören viele Bakterienstämme der normalen Darmflora. Sie fördern die Entwicklung des adaptiven Immunsystems des Körpers und die Schutzfunktion der Schleimhautbarriere des Darms.
- Parasitäre Organismen dagegen sind pathogen und schaden dem Wirt. Zu ihnen gehören Bakterienstämme des Darms, die akute Durchfallkrankheiten auslösen, und solche die bei chronisch entzündlichen Darmkrankheiten überwiegen.
Siehe unter Mikrobiom.
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