Eine bakterielle Fehlbesiedlung des Dünndarms führt zu akuten und langfristigen Auswirkungen auf die Gesundheit, so zu Durchfällen, Blähungen und einem Mangel an Nahrungsbestandteilen. Die Ursachen sind vielfältig. Zu ihnen gehören beispielsweise verschiedene Darmkrankheiten, speziell Dünndarmkrankheiten, Operationsfolgen (z. B. nach „blind-loop“-Anlage), eine Abwehrschwäche des Immunsystems und Krankheiten, die eine Trägheit des Dünndarms hervorrufen (wie Zuckerkrankheit oder Systemsklerose).
Dazu siehe unter bakterielle Überwucherung des Dünndarms.